Episode 15
Genomics, Machine Learning, and the Future of Big Data in Medicine | Eric Schadt
Episode 15
Eric Schadt
Genomics, Machine Learning, and the Future of Big Data in Medicine | Eric Schadt
summary
In this week’s episode of Hidden Forces, host Demetri Kofinas speaks with Dr. Eric Schadt. Eric Schadt is founder and CEO of Sema4, as well as Dean of Precision Medicine at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai. During the course of his 20-year career, Dr. Eric Schadt has built genetics and systems biology groups at Merck. He built the computational biology group at Rosetta. He has served as co-founder of Sage Bionetworks and as Chief Science Officer of Pacific Biosciences. He now serves as the founder and CEO of Sema4. He has published more than 300 peer-reviewed papers in leading scientific journals, and he has contributed to a number of discoveries relating to the genetic basis of common human diseases such as diabetes, obesity and Alzheimer’s.
In today’s conversation, we explore the information technology of biology – DNA – the world of genomics, where big data looms large. We begin by mapping the territory of the human genome and exploring the pathways of disease. We look to understand the ways in which complex genetic combinations express themselves as phenotypes such as height, bone structure, intelligence, and personality. How are these traits coded for? What are the instructions our body uses to repair a damaged cell? What blueprint does it consult before trying to grow new arteries? How does it know to regulate our appetite or when start us down the path of puberty? What happens when these instructions are damaged? How can the smallest difference in the order of life’s code make all the difference for our success, our happiness, and even our survival?
50 years have passed, between the discovery of the double-helix and the mapping of the first human genome. What progress have we made in the 15 years since? How has our ability to sequence new genomes created a paradigm shift in medicine? What is the role of big data and artificial intelligence in finding the correlations needed in order to treat malignancies and prevent diseases? What is the promise of genomics? What are the perils of big data in medicine? What stands between us and some superhuman future?
Producer & Host: Demetri Kofinas
Editor & Engineer: Stylianos Nicolaou
Join the conversation at @hiddenforcespod
bio
Eric Schadt (born January 31, 1965) is an American mathematician and computational biologist. He is Dean for Precision Medicine at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai and Chief Executive Officer of Sema4, a spinout next generation health information company of the Mount Sinai Health System that provides advanced genomic testing and merges big data analytics with clinical diagnostics. He was previously founding director of the Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology and chair of the Department of Genetics and Genomics Sciences at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai. Schadt’s work combines supercomputing and advanced computational modeling with diverse biological data to understand the relationship between genes, gene products, other molecular features such as cells, organs, organisms, and communities and their impact on complex human traits such as disease. He is known for calling for a shift in molecular biology toward a network-oriented view of living systems to complement the reductionist, single-gene approaches that currently dominate biology to more accurately model the complexity of biological systems. Schadt has also worked to engage the public, encouraging people to participate in scientific research and helping them understand privacy concerns around DNA-based information.
transcript
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Ne tum quidem te respicies et cogitabis sibi quemque natum esse et suis voluptatibus? Nec enim, dum metuit, iustus est, et certe, si metuere destiterit, non erit; Honesta oratio, Socratica, Platonis etiam. Compensabatur, inquit, cum summis doloribus laetitia. Quae quidem sapientes sequuntur duce natura tamquam videntes; Duo Reges: constructio interrete. An me, inquam, nisi te audire vellem, censes haec dicturum fuisse? Sit hoc ultimum bonorum, quod nunc a me defenditur;
Rhetorice igitur, inquam, nos mavis quam dialectice disputare? Primum cur ista res digna odio est, nisi quod est turpis? Sed ut iis bonis erigimur, quae expectamus, sic laetamur iis, quae recordamur. Non minor, inquit, voluptas percipitur ex vilissimis rebus quam ex pretiosissimis. Quamvis enim depravatae non sint, pravae tamen esse possunt. An ea, quae per vinitorem antea consequebatur, per se ipsa curabit? Sequitur disserendi ratio cognitioque naturae; Non enim iam stirpis bonum quaeret, sed animalis. Tum, Quintus et Pomponius cum idem se velle dixissent, Piso exorsus est.
Quis suae urbis conservatorem Codrum, quis Erechthei filias non maxime laudat? Videmusne ut pueri ne verberibus quidem a contemplandis rebus perquirendisque deterreantur? Laelius clamores sofòw ille so lebat Edere compellans gumias ex ordine nostros. Hoc loco tenere se Triarius non potuit. Quod, inquit, quamquam voluptatibus quibusdam est saepe iucundius, tamen expetitur propter voluptatem. Tu autem negas fortem esse quemquam posse, qui dolorem malum putet.
Est autem etiam actio quaedam corporis, quae motus et status naturae congruentis tenet; Est enim tanti philosophi tamque nobilis audacter sua decreta defendere. Quamquam te quidem video minime esse deterritum. Aeque enim contingit omnibus fidibus, ut incontentae sint.
Full Episode
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Piso igitur hoc modo, vir optimus tuique, ut scis, amantissimus. Videmus igitur ut conquiescere ne infantes quidem possint. Hoc mihi cum tuo fratre convenit. Cur igitur, inquam, res tam dissimiles eodem nomine appellas? Duo Reges: constructio interrete. Deinde prima illa, quae in congressu solemus: Quid tu, inquit, huc? Quid ei reliquisti, nisi te, quoquo modo loqueretur, intellegere, quid diceret? Collatio igitur ista te nihil iuvat. Qui ita affectus, beatum esse numquam probabis; Eaedem res maneant alio modo. Quid igitur dubitamus in tota eius natura quaerere quid sit effectum? Estne, quaeso, inquam, sitienti in bibendo voluptas?
Nunc vides, quid faciat. Sed mehercule pergrata mihi oratio tua. Quis animo aequo videt eum, quem inpure ac flagitiose putet vivere? Quantum Aristoxeni ingenium consumptum videmus in musicis? Quid, de quo nulla dissensio est? Quamquam id quidem licebit iis existimare, qui legerint. Nam memini etiam quae nolo, oblivisci non possum quae volo. Tu enim ista lenius, hic Stoicorum more nos vexat.
Satisne ergo pudori consulat, si quis sine teste libidini pareat? Quae adhuc, Cato, a te dicta sunt, eadem, inquam, dicere posses, si sequerere Pyrrhonem aut Aristonem. Qui non moveatur et offensione turpitudinis et comprobatione honestatis? An eum discere ea mavis, quae cum plane perdidiceriti nihil sciat? In schola desinis. Nam quibus rebus efficiuntur voluptates, eae non sunt in potestate sapientis.
Hoc ne statuam quidem dicturam pater aiebat, si loqui posset. Quid turpius quam sapientis vitam ex insipientium sermone pendere? Mihi quidem Homerus huius modi quiddam vidisse videatur in iis, quae de Sirenum cantibus finxerit. Quae in controversiam veniunt, de iis, si placet, disseramus. Non potes, nisi retexueris illa.
intelligence report
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Dic in quovis conventu te omnia facere, ne doleas. Cum autem in quo sapienter dicimus, id a primo rectissime dicitur. Cum autem venissemus in Academiae non sine causa nobilitata spatia, solitudo erat ea, quam volueramus. Sed vobis voluptatum perceptarum recordatio vitam beatam facit, et quidem corpore perceptarum. Aliter enim explicari, quod quaeritur, non potest. Duo Reges: constructio interrete. Nihil enim iam habes, quod ad corpus referas; Nos paucis ad haec additis finem faciamus aliquando; Qui autem de summo bono dissentit de tota philosophiae ratione dissentit. Sin tantum modo ad indicia veteris memoriae cognoscenda, curiosorum.
Hoc unum Aristo tenuit: praeter vitia atque virtutes negavit rem esse ullam aut fugiendam aut expetendam. Quae animi affectio suum cuique tribuens atque hanc, quam dico. Nonne videmus quanta perturbatio rerum omnium consequatur, quanta confusio? A primo, ut opinor, animantium ortu petitur origo summi boni.
Paria sunt igitur. Quam nemo umquam voluptatem appellavit, appellat; Quodcumque in mentem incideret, et quodcumque tamquam occurreret. Sed fortuna fortis; Conferam tecum, quam cuique verso rem subicias; Quis istud possit, inquit, negare? Quae cum essent dicta, discessimus.
Quamquam te quidem video minime esse deterritum. Nescio quo modo praetervolavit oratio. Ita relinquet duas, de quibus etiam atque etiam consideret. Quis enim potest istis, quae te, ut ais, delectant, brevibus et acutis auditis de sententia decedere? Verum hoc idem saepe faciamus. Immo videri fortasse. Licet hic rursus ea commemores, quae optimis verbis ab Epicuro de laude amicitiae dicta sunt. Illud mihi a te nimium festinanter dictum videtur, sapientis omnis esse semper beatos;
extra material
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Si verbum sequimur, primum longius verbum praepositum quam bonum. At multis se probavit. Nec lapathi suavitatem acupenseri Galloni Laelius anteponebat, sed suavitatem ipsam neglegebat; Sed ut iis bonis erigimur, quae expectamus, sic laetamur iis, quae recordamur. Duo Reges: constructio interrete.
Quid interest, nisi quod ego res notas notis verbis appello, illi nomina nova quaerunt, quibus idem dicant? Mihi, inquam, qui te id ipsum rogavi? Eiuro, inquit adridens, iniquum, hac quidem de re; Age nunc isti doceant, vel tu potius quis enim ista melius? At ille pellit, qui permulcet sensum voluptate. Quis est tam dissimile homini. Haec bene dicuntur, nec ego repugno, sed inter sese ipsa pugnant.
Parvi enim primo ortu sic iacent, tamquam omnino sine animo sint. Varietates autem iniurasque fortunae facile veteres philosophorum praeceptis instituta vita superabat. Ex quo, id quod omnes expetunt, beate vivendi ratio inveniri et comparari potest. Nec vero sum nescius esse utilitatem in historia, non modo voluptatem. In quibus doctissimi illi veteres inesse quiddam caeleste et divinum putaverunt. Tu quidem reddes;
Quis enim confidit semper sibi illud stabile et firmum permansurum, quod fragile et caducum sit? Quae autem natura suae primae institutionis oblita est? Mihi enim erit isdem istis fortasse iam utendum. Inscite autem medicinae et gubernationis ultimum cum ultimo sapientiae comparatur. Conferam tecum, quam cuique verso rem subicias; Materiam vero rerum et copiam apud hos exilem, apud illos uberrimam reperiemus.
related episodes
Video
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Duo Reges: constructio interrete. Quaesita enim virtus est, non quae relinqueret naturam, sed quae tueretur. Quid enim ab antiquis ex eo genere, quod ad disserendum valet, praetermissum est?
Quare, quoniam de primis naturae commodis satis dietum est nunc de maioribus consequentibusque videamus. Inde sermone vario sex illa a Dipylo stadia confecimus. Sin eam, quam Hieronymus, ne fecisset idem, ut voluptatem illam Aristippi in prima commendatione poneret. Ait enim se, si uratur, Quam hoc suave! dicturum.
Morbo gravissimo affectus, exul, orbus, egens, torqueatur eculeo: quem hunc appellas, Zeno? Eodem modo is enim tibi nemo dabit, quod, expetendum sit, id esse laudabile. An dolor longissimus quisque miserrimus, voluptatem non optabiliorem diuturnitas facit? Dempta enim aeternitate nihilo beatior Iuppiter quam Epicurus; Ego vero isti, inquam, permitto. Duarum enim vitarum nobis erunt instituta capienda.
Vitiosum est enim in dividendo partem in genere numerare. De illis, cum volemus. Quis suae urbis conservatorem Codrum, quis Erechthei filias non maxime laudat? Non quam nostram quidem, inquit Pomponius iocans; Apparet statim, quae sint officia, quae actiones. Beatus sibi videtur esse moriens. Nonne videmus quanta perturbatio rerum omnium consequatur, quanta confusio? Quamquam haec quidem praeposita recte et reiecta dicere licebit.
