
Episode 15
Genomics, Machine Learning, and the Future of Big Data in Medicine | Eric Schadt

Episode 15
Eric Schadt
Genomics, Machine Learning, and the Future of Big Data in Medicine | Eric Schadt
summary
In this week’s episode of Hidden Forces, host Demetri Kofinas speaks with Dr. Eric Schadt. Eric Schadt is founder and CEO of Sema4, as well as Dean of Precision Medicine at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai. During the course of his 20-year career, Dr. Eric Schadt has built genetics and systems biology groups at Merck. He built the computational biology group at Rosetta. He has served as co-founder of Sage Bionetworks and as Chief Science Officer of Pacific Biosciences. He now serves as the founder and CEO of Sema4. He has published more than 300 peer-reviewed papers in leading scientific journals, and he has contributed to a number of discoveries relating to the genetic basis of common human diseases such as diabetes, obesity and Alzheimer’s.
In today’s conversation, we explore the information technology of biology – DNA – the world of genomics, where big data looms large. We begin by mapping the territory of the human genome and exploring the pathways of disease. We look to understand the ways in which complex genetic combinations express themselves as phenotypes such as height, bone structure, intelligence, and personality. How are these traits coded for? What are the instructions our body uses to repair a damaged cell? What blueprint does it consult before trying to grow new arteries? How does it know to regulate our appetite or when start us down the path of puberty? What happens when these instructions are damaged? How can the smallest difference in the order of life’s code make all the difference for our success, our happiness, and even our survival?
50 years have passed, between the discovery of the double-helix and the mapping of the first human genome. What progress have we made in the 15 years since? How has our ability to sequence new genomes created a paradigm shift in medicine? What is the role of big data and artificial intelligence in finding the correlations needed in order to treat malignancies and prevent diseases? What is the promise of genomics? What are the perils of big data in medicine? What stands between us and some superhuman future?
Producer & Host: Demetri Kofinas
Editor & Engineer: Stylianos Nicolaou
Join the conversation at @hiddenforcespod
bio
Eric Schadt (born January 31, 1965) is an American mathematician and computational biologist. He is Dean for Precision Medicine at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai and Chief Executive Officer of Sema4, a spinout next generation health information company of the Mount Sinai Health System that provides advanced genomic testing and merges big data analytics with clinical diagnostics. He was previously founding director of the Icahn Institute for Genomics and Multiscale Biology and chair of the Department of Genetics and Genomics Sciences at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai. Schadt’s work combines supercomputing and advanced computational modeling with diverse biological data to understand the relationship between genes, gene products, other molecular features such as cells, organs, organisms, and communities and their impact on complex human traits such as disease. He is known for calling for a shift in molecular biology toward a network-oriented view of living systems to complement the reductionist, single-gene approaches that currently dominate biology to more accurately model the complexity of biological systems. Schadt has also worked to engage the public, encouraging people to participate in scientific research and helping them understand privacy concerns around DNA-based information.
transcript
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Si quicquam extra virtutem habeatur in bonis. Duo Reges: constructio interrete. Nihil opus est exemplis hoc facere longius. Quae cum dixisset paulumque institisset, Quid est? Nihilo magis. Quorum altera prosunt, nocent altera.
Quod ea non occurrentia fingunt, vincunt Aristonem; Familiares nostros, credo, Sironem dicis et Philodemum, cum optimos viros, tum homines doctissimos. Quorum sine causa fieri nihil putandum est. Qui ita affectus, beatum esse numquam probabis; Vestri haec verecundius, illi fortasse constantius. Naturales divitias dixit parabiles esse, quod parvo esset natura contenta. Materiam vero rerum et copiam apud hos exilem, apud illos uberrimam reperiemus. Quid est igitur, inquit, quod requiras? Equidem etiam Epicurum, in physicis quidem, Democriteum puto. Ea possunt paria non esse.
Mihi quidem Antiochum, quem audis, satis belle videris attendere. Sed tamen enitar et, si minus multa mihi occurrent, non fugiam ista popularia. Quis Aristidem non mortuum diligit? An obliviscimur, quantopere in audiendo in legendoque moveamur, cum pie, cum amice, cum magno animo aliquid factum cognoscimus? Nam Metrodorum non puto ipsum professum, sed, cum appellaretur ab Epicuro, repudiare tantum beneficium noluisse; Hoc dixerit potius Ennius: Nimium boni est, cui nihil est mali. Non enim ipsa genuit hominem, sed accepit a natura inchoatum. Indicant pueri, in quibus ut in speculis natura cernitur. Teneo, inquit, finem illi videri nihil dolere. Nos commodius agimus.
Non est igitur voluptas bonum. Si enim ad populum me vocas, eum. Nonne videmus quanta perturbatio rerum omnium consequatur, quanta confusio? Consequatur summas voluptates non modo parvo, sed per me nihilo, si potest;
Full Episode
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Qua ex cognitione facilior facta est investigatio rerum occultissimarum. Id enim volumus, id contendimus, ut officii fructus sit ipsum officium. Quod quidem iam fit etiam in Academia. Cum autem in quo sapienter dicimus, id a primo rectissime dicitur.
Qui enim voluptatem ipsam contemnunt, iis licet dicere se acupenserem maenae non anteponere. Hoc loco tenere se Triarius non potuit. Cum id fugiunt, re eadem defendunt, quae Peripatetici, verba. Illa sunt similia: hebes acies est cuipiam oculorum, corpore alius senescit; Et non ex maxima parte de tota iudicabis? Ita redarguitur ipse a sese, convincunturque scripta eius probitate ipsius ac moribus. Quasi vero, inquit, perpetua oratio rhetorum solum, non etiam philosophorum sit. Deinde prima illa, quae in congressu solemus: Quid tu, inquit, huc? Fortasse id optimum, sed ubi illud: Plus semper voluptatis? Obsecro, inquit, Torquate, haec dicit Epicurus?
Ita relinquet duas, de quibus etiam atque etiam consideret. Tibi hoc incredibile, quod beatissimum. Profectus in exilium Tubulus statim nec respondere ausus; Id enim volumus, id contendimus, ut officii fructus sit ipsum officium.
Non est igitur summum malum dolor. Est igitur officium eius generis, quod nec in bonis ponatur nec in contrariis. Duo Reges: constructio interrete. Non igitur bene. Isto modo ne improbos quidem, si essent boni viri. Estne, quaeso, inquam, sitienti in bibendo voluptas?
intelligence report
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Si enim ad populum me vocas, eum. Nam memini etiam quae nolo, oblivisci non possum quae volo. Duo Reges: constructio interrete. Quo modo autem optimum, si bonum praeterea nullum est? Sin dicit obscurari quaedam nec apparere, quia valde parva sint, nos quoque concedimus; Illa videamus, quae a te de amicitia dicta sunt. Verum tamen cum de rebus grandioribus dicas, ipsae res verba rapiunt;
Deinceps videndum est, quoniam satis apertum est sibi quemque natura esse carum, quae sit hominis natura. Sed in rebus apertissimis nimium longi sumus. Alterum significari idem, ut si diceretur, officia media omnia aut pleraque servantem vivere. Ego vero volo in virtute vim esse quam maximam;
Sed emolumenta communia esse dicuntur, recte autem facta et peccata non habentur communia. Si enim non fuit eorum iudicii, nihilo magis hoc non addito illud est iudicatum-. Quid de Platone aut de Democrito loquar? Quae sequuntur igitur? Quae qui non vident, nihil umquam magnum ac cognitione dignum amaverunt. Expectoque quid ad id, quod quaerebam, respondeas. Quod ea non occurrentia fingunt, vincunt Aristonem; Non quam nostram quidem, inquit Pomponius iocans; Sin dicit obscurari quaedam nec apparere, quia valde parva sint, nos quoque concedimus;
Comprehensum, quod cognitum non habet? Traditur, inquit, ab Epicuro ratio neglegendi doloris. Primum divisit ineleganter; Ad eas enim res ab Epicuro praecepta dantur.
related episodes
Video
content locked
or Subscribe to Access Premium Content
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Quamquam haec quidem praeposita recte et reiecta dicere licebit. Hic ego: Pomponius quidem, inquam, noster iocari videtur, et fortasse suo iure. Et harum quidem rerum facilis est et expedita distinctio. A villa enim, credo, et: Si ibi te esse scissem, ad te ipse venissem. Duo Reges: constructio interrete. Sed in rebus apertissimis nimium longi sumus.
Itaque a sapientia praecipitur se ipsam, si usus sit, sapiens ut relinquat. Ex ea difficultate illae fallaciloquae, ut ait Accius, malitiae natae sunt. An est aliquid, quod te sua sponte delectet? Nunc ita separantur, ut disiuncta sint, quo nihil potest esse perversius. Sin aliud quid voles, postea. Quod autem meum munus dicis non equidem recuso, sed te adiungo socium.
At ille pellit, qui permulcet sensum voluptate. Superiores tres erant, quae esse possent, quarum est una sola defensa, eaque vehementer. Quae cum praeponunt, ut sit aliqua rerum selectio, naturam videntur sequi; At iam decimum annum in spelunca iacet. Sed ad bona praeterita redeamus. Traditur, inquit, ab Epicuro ratio neglegendi doloris. Non autem hoc: igitur ne illud quidem. Sed tamen intellego quid velit.
Nihil acciderat ei, quod nollet, nisi quod anulum, quo delectabatur, in mari abiecerat. Itaque si aut requietem natura non quaereret aut eam posset alia quadam ratione consequi. Quid de Platone aut de Democrito loquar? Quae cum dixisset, finem ille. Itaque si aut requietem natura non quaereret aut eam posset alia quadam ratione consequi. Beatum, inquit. Nam quibus rebus efficiuntur voluptates, eae non sunt in potestate sapientis. Intellegi quidem, ut propter aliam quampiam rem, verbi gratia propter voluptatem, nos amemus; Sed haec nihil sane ad rem; Atque haec ita iustitiae propria sunt, ut sint virtutum reliquarum communia.